El Museo, fundado en 1956 y renovado en 1990, combina su histórica portada plateresca y la capilla del siglo XVI con modernos espacios. Ofrece un ambiente amplio y acogedor para la exploración de la cultura y la historia de Navarra.

Los y las visitantes pueden recorrer un vestíbulo amplio y acogedor, un salón de actos con capacidad para 180 personas y una terraza con vistas privilegiadas. El museo expone hallazgos arqueológicos de la prehistoria como la Mano de Irulegi o el Hombre de Loizu (La sala de prehistoria alberga piezas desde epocas del paleolítico, neolítico, Edad de Bronce y hasta la Edad de Hierro), así como piezas de la Navarra romana, prerrománica, románica e islámica.

 También se encuentran muestras de arte gótico, renacentista, pintura de los siglos XVII y XVIII, la obra de Francisco de Goya ‘El retrato del marqués de San Adrián’ y una importante colección de pintura navarra de los siglos XIX y XX.