En el interior de la catedral destacan los retablos, la sillería del coro realizada por Esteban de Obray, el Santo Cristo de Anchieta, el sepulcro de alabastro de Carlos III el Noble y Leonor de Trastámara (su esposa), esculpido por Johan Lome de Tournai, y la capilla Barbazana, con su distintiva bóveda gótica octogonal.

El claustro, finalizado en 1472, es considerado uno de los más hermosos de Europa. La catedral también alberga la talla románica de Santa María la Real, la imagen mariana más antigua de Navarra, elaborada en el siglo XII con madera revestida en plata. Frente a esta imagen se realizaban las coronaciones de los reyes y reinas de Navarra.

La Catedral de Pamplona no solo es impresionante por su imponente arquitectura gótica y su impresionante claustro, sino también por el conjunto de espacios históricos que la rodean y enriquecen su valor patrimonial. 

El conjunto catedralicio incluye diversas dependencias que han sido cuidadosamente preservadas y adaptadas para mostrar la rica historia y el legado de la ciudad. Entre estas dependencias se encuentra el refectorio canónico, un espacio de gran valor histórico donde los canónigos compartían sus comidas en un ambiente sobrio y solemne. Este lugar, con sus muros cargados de siglos de historia, transporta quienes lo visitan a la vida cotidiana de los religiosos en épocas pasadas. La antigua cocina, con elementos originales que revelan el día a día del conjunto eclesiástico, complementa la experiencia.

La biblioteca, otro de sus tesoros, conserva un importante fondo bibliográfico y documental. Es testimonio del papel de la catedral como centro de saber y conocimiento, manteniendo viva la conexión entre fe y cultura.

La casa del Campanero, estrechamente vinculada a la historia de las campanas de la catedral, como la emblemática campana María, ofrece una visión de la vida de quienes se encargaban de este oficio singular.  Este lugar estaba destinado a albergar al encargado de las campanas de la catedral, una figura clave en la vida eclesiástica y social de la ciudad. Su función no se limitaba a hacer sonar las campanas para los oficios religiosos, sino también a anunciar acontecimientos relevantes, marcar las horas y alertar a la población en caso de emergencias.